首先，有机菌肥到底是什么：主要来源于植物或动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而成，消除了其中的有毒有害物质，含有大量有益物质，并且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。
    一、改善土壤理化性状，提升土壤肥力有机肥含有大量有机质，通常含量为200g/kg左右。有机质是土壤肥力的重要物质基础。
    二、促进土壤微生物活动土壤微生物在有机质转化过程中起着重要的作用，是衡量土壤肥力水平的重要标志之一。如土壤中有机质的矿质化过程，土壤中有机态氮磷的有效化过程，豆科植物生物固氮过程等，都是与土壤微生物的作用相关。
    三、维持和促进土壤养分平衡植物从土壤中摄取的各类养分可通过施用有机肥料和以植物残体形式回归土壤。回归的程度怎样，主要取决于各类有机肥源是不是充分积攒、合理积造施用及残体回田率。
    四、降低肥料投入成本有机肥可就地取材、就地施用，来源广、成本低，通过增施有机肥不仅仅能够培肥地力，增加土壤养分，并且能够提升化肥利用率，相对应降低化肥施用量，进而降低农业投入成本。