制造和协助农作物吸收营养。有些菌肥如“尚古源沃牌的《发酵纯羊粪》”施用后，由于微生物的活动，不仅能增加土壤有效养分，还能产生多种激素类物质和各种维生素，从而促进作物的生长；根瘤菌肥中的根瘤菌向豆科植物一生提供的氮素，占其一生需要量的30%～80%；活性菌可以与多种植物根共生，其菌丝伸出根部很远，可以吸收更多的营养供各种植物利用，其中以对磷的吸收非常明显。  

   增强植物的抗逆性。有些生物肥料的菌种接种后，由于在作物根部大量生长繁殖，成为作物根际的优势菌，它们可分泌抗真菌和细菌的抗生素，从而抑制多种病菌的生长。菌丝就是由于在作物根部的大量生长，除了可以吸收有益于作物生长的营养元素外，还可以增加作物对水分的吸收，提高作物的抗旱能力。