一、有机菌肥对土壤条件要求较为严苛，施入到土壤后，需要一个适应、生长、供养、繁衍的过程，通常15天后能够发挥作用，见到效果，并且长时间均衡地供给作物营养。
    二、有机菌肥适宜施用的时间是清晨和傍晚或无雨阴天，这样能够防止阳光中的紫外线将微生物杀死。
    三、有机菌肥不适合久放，拆包后要及时施用，一次用完，包装袋打开后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群发生质变，影响活性，影响其使用效果。
    四、有机菌肥应避免高温干旱条件下使用。施用微生物肥料时要注意温、湿度的变化，在高温干旱条件下，微生物生存和繁衍会受到影响，不可充分发挥其作用。要结合盖土浇水等措施，防止有机菌肥受阳光直射或因水分不足而无法发挥作用。
    五、有机菌肥不可长时间泡在水中，在水田里施用应干湿灌溉，促进生物菌活动。以好气性微生物为主的产品，则尽可能不要用在水田。严重干旱的土壤会影响微生物的生长繁衍，微生物肥料适合的土壤含水量为百分之五十到百分之七十。
    六、有机菌肥能够单独施用，也能够与其他肥料混合施用。但有机菌肥应防止与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效。同时也需要注意防止与过酸过碱的肥料混合使用。